下午好🌅🌅🌅
本答案参考ChatGPT-3.5
代码中存在一个语法错误，需要添加 'sbNk' 作为字符串参数给命令。
解决方案：
# snakemake-tutorial
from snakemake import SnakeMak
import numpy as np
snakemake = SnakeMak()
## 设置配置文件
snakemake.set_config("input_file", "my_input_file.txt")
snakemake.set_config("output_file", "my_output_file.txt")
## 定义任务
task1 = snakemake.task(
name="task1",
input_files=["my_input_file.txt"],
output_files=["my_output_file.txt"],
)
## 调用主函数
snakemake.run()
这个修复应该可以解决问题，并且不会影响你的输出文件。
然而，为了完全避免这种问题，我建议你不要使用空格作为命令的分隔符，因为这对于Python解析来说是不可接受的。你可以使用反斜杠（\）来代替空格，例如 sbNk 可以被替换为 sbK。
下面是更详细的代码，加上了反斜杠和不同的变量名：
# snakemake-tutorial
from snakemake import SnakeMak
import numpy as np
def add_new_line(line):
line += "\n"
return line
snakemake = SnakeMak()
## 设置配置文件
snakemake.set_config("input_file", "my_input_file.txt")
snakemake.set_config("output_file", "my_output_file.txt")
## 定义任务
task1 = snakemake.task(
name="task1",
input_files=["my_input_file.txt"],
output_files=["my_output_file.txt"],
variable_name="number",
command="echo number > my_output_file.txt",
)
## 调用主函数
snakemake.run()
这个版本应该能够正常工作，而且由于字符串之间没有换行符，所以不会出现错误。
