scanpy filter总结

import scanpy as sc 
import numpy as np
ad=sc.AnnData(np.array([[1,0,0],[0,0,0],[1,2,2],[1,1,1]]))
ad.X
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sc.pp.filter_cells(ad, min_genes = 1)
sc.pp.filter_genes(ad, min_cells = 1)

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可以看到，这里经过filter_cells和filter_genes后，anndata的obs和var是各自多了一个属性，结果如下

注意filter的参数其实有三个，并不只是两个

在前面的例子中，我使用了sc.pp.filter_cells(ad, min_genes = 1)
和sc.pp.filter_cells(ad, min_cells = 1),当运行完这两个函数后，adata的obs里多了n_genes和n_cells属性

sc.pp.filter_genes(adata, min_counts=1)
sc.pp.filter_cells(adata, min_counts=1)
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注意这里的参数是min_counts 不是min_cells和min_genes, 这也是一种过滤方式，通过这个参数，adata.obs多了adata.obs[“n_counts”]