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  • 高密分子定位技术


    用于显微超分辨成像的CEL0方法1

    传统显微超分的方法:

    • Gaussian fitting
    • Deconvolution under sparsity constraint
      这种方法的缺点是不适用于高密度的emitter,定位的分子会有overlap。

    CEL0的解决方案

    成像模型

    Y = P ( A ( H ( X ) ) ) ( ∗ ∗ ) Y=P(A(H(X))) \qquad (**) Y=P(A(H(X)))(∗∗)
    其中P为Poisson噪声,X为分子结构图,H为高斯核卷积算子,A为精细网格到粗粒度网格的平均算子。

    变分优化模型

    上述超分问题转化为如下的优化问题
    X ^ ∈ arg ⁡ min ⁡ X 1 2 ∥ A H ( X ) − Y ∥ 2 + λ ∥ X ∥ 0 + δ ≥ 0 ( X ) \hat{X}\in\arg\min_{X} \frac{1}{2}\|AH(X)-Y\|^2+\lambda \|X\|_0+\delta _{\ge0}(X) X^∈argXmin​21​∥AH(X)−Y∥2+λ∥X∥0​+δ≥0​(X)
    该问题求解为NP-hard

    CEL0的求解方案

    将L0范数替换为Continuous exact ℓ 0 \ell_0 ℓ0​,得到如下模型
    X ^ ∈ arg ⁡ min ⁡ X 1 2 ∥ A H ( X ) − Y ∥ 2 + Φ C E L 0 ( X ) + δ ≥ 0 ( X ) \hat{X}\in\arg\min_{X} \frac{1}{2}\|AH(X)-Y\|^2+\Phi_{CEL0}(X)+\delta _{\ge0}(X) X^∈argXmin​21​∥AH(X)−Y∥2+ΦCEL0​(X)+δ≥0​(X)
    其中
    Φ C E L 0 ( X ) = ∑ i = 1 ( N L ) 2 ϕ ( ∣ A H ( E i ) ∣ , λ ; ∣ X i ∣ ) \Phi_{CEL0}(X)=\sum_{i=1}^{(NL)^2}\phi(|AH(E^i)|,\lambda;|X_{i}|) ΦCEL0​(X)=i=1∑(NL)2​ϕ(∣AH(Ei)∣,λ;∣Xi​∣)
    这里的各项可表示为
    ϕ ( a , λ ; x ) = λ − a 2 2 ( x − 2 λ a ) 2 1 x ≤ 2 λ a \phi(a,\lambda;x)=\lambda-\frac{a^2}{2}(x-\frac{\sqrt{2\lambda}}{a})^2 \mathbb{1}_{x\le\frac{\sqrt{2\lambda}}{a}} ϕ(a,λ;x)=λ−2a2​(x−a2λ ​​)21x≤a2λ ​​​

    Remark:

    • 原问题(**)的解包含在CEL0问题的解空间
    • 可通过CEL0的解给出原问题的一个解
    • 某些原问题的解不是CEL0问题的临界点

    CEL0的求解

    结合iterative reweighted L1算法2求解CEL0的优化问题。

    单分子定位技术的近期发展

    nature近期提出一种单分子定位的深度学习方法:DECODE
    该方法可以快速处理密集emitter的成像数据。
    具体见文献3

    参考文献:


    1. S. Gazagnes, E. Soubies, and L. Blanc-Féraud, “High density molecule localization for super-resolution microscopy using CEL0 based sparse approximation,” in ISBI, Apr. 2017, pp. 28–31. ↩︎

    2. Peter Ochs et al., “On iteratively reweighted algorithms for nonsmooth nonconvex optimization in computer vision,” SIAM Journal on Imaging Sciences, vol. 8, no. 1, 2015. ↩︎

    3. A. Speiser et al., “Deep learning enables fast and dense single-molecule localization with high accuracy,” Nat Methods, vol. 18, no. 9, pp. 1082–1090, Sep. 2021. ↩︎

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  • 原文地址:https://blog.csdn.net/mathematican/article/details/125443363
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