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  • 给定DNA序列,查找有效匹配子串


    import java.util.Scanner;
    
    /**
     * 识别有效DNA序列
     * @author Green.Gee
     * @date 2022/11/14 14:33
     * @email green.gee.lu@gmail.com
     */
    public class DNA {
    
        public static void main(String[] args) {
            Scanner in = new Scanner(System.in);
            while (in.hasNextLine()) {
                //@todo 满足序列要求 DNA序列为 ACGT 的子串有: ACG , CG , CGT 等等,但是没有 AGT , CT 等等
                String DNA = in.nextLine();
    
                /// @todo 校验字符 为序列内
                int n = Integer.valueOf(in.nextLine());
    
                int len = DNA.length();
                int minus = len - n;
                int index = 0,max = 0;
                for(int i  = 0; i < minus; i++){
                    int gcCount = 0;
                    for(int j = i;j< i + n;j++){// + n
                        if(DNA.charAt(j) == 'G' || DNA.charAt(j) == 'C'){
                            gcCount++;
                        }
                    }
                    if(gcCount > max){
                        max = gcCount;
                        index = i;
                        if(gcCount == n){
                            System.out.println(DNA.substring(index,index + n));
                            return;
                        }
                    }
                }
                System.out.println(DNA.substring(index,index + n));
            }
        }
    }
    
    
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