lammps已跑完，不想重跑，如何补充新的计算？

大家好，我是小马老师。

本文介绍rerun命令的用法。

lammps模拟中，可能会遇到这样的情况：把lammps in文件提交到服务器运行完成后，发现少算了一个数据（如rdf），重新写代码提交，费时费力。

lammps提供了一个命令可以解决此类问题：rerun。

rerun可以理解为重新运算，但是这个运算并不会和run命令一样，从头开始运算，而是从run运算的结果中提取原子信息，如坐标、速度等，以此进行能量、力以及热力学的输出等。

该命令的优点是不需要重新积分运算，不影响原来的运行结果，仅提取需要的信息进行部分运算，运算速度快。

下面以补充计算rdf为例，介绍rerun的使用方法。

（1）in.first
in.first文件模拟了一个溶液体系的原子演化过程，运行1000步，轨迹文件保存到lj.dump文件中。
这个in文件没有进行rdf的计算。

in文件代码：

#in.first
variable	x index 1
variable	y index 1
variable	z index 1
variable	xx equal 20*$x
variable	yy equal 20*$y
variable	zz equal 20*$z
units		lj
atom_style	atomic
lattice		fcc 0.8442
region		box block 0 ${xx} 0 ${yy} 0 ${zz}
create_box	1 box
create_atoms	1 box
mass		1 1.0
velocity	all create 1.44 87287 loop geom
pair_style	lj/cut 2.5
pair_coeff	1 1 1.0 1.0 2.5
neighbor	0.3 bin
neigh_modify	delay 0 every 20 check no
fix		1 all nve
dump            1 all custom 100 lj.dump id type x y z vx vy vz
thermo          100
run		1000
1
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(2)in.rdf
在lj.dump文件的基础上补充rdf的运算，首先把rdf命令写到in文件，把最后一句的run语句改成rerun语句：

compute myRDF all rdf 100 cutoff 5.0
fix 2 all ave/time 100 10 1000 c_myRDF[*] file rdf.rerun mode vector
rerun lj.dump dump x y z
1
2
3

rerun后面紧跟dump文件名，之后是需要提取的原子坐标。
这样重启动一个“运算”就可以把rdf计算出来。

in文件代码：

#in.rdf
variable	x index 1
variable	y index 1
variable	z index 1
variable	xx equal 20*$x
variable	yy equal 20*$y
variable	zz equal 20*$z
units		lj
atom_style	atomic
lattice		fcc 0.8442
region		box block 0 ${xx} 0 ${yy} 0 ${zz}
create_box	1 box
create_atoms	1 box
mass		1 1.0
pair_style	lj/cut 5.0
pair_coeff	1 1 1.0 1.0
neighbor	0.3 bin
thermo          100
compute         myRDF all rdf 100 cutoff 5.0
fix             2 all ave/time 100 10 1000 c_myRDF[*] file rdf.rerun mode vector
rerun           lj.dump dump x y z
1
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为了方便大家理解这个命令，我选了最简单了一个例子，rerun还有很多高级用法，具体可以查看官网手册介绍，以及read_dump命令。

公众号：lammps加油站