上午好☀️☀️☀️️
本答案参考ChatGPT-3.5
如果要对带有病灶的3D医学图像提取影像组学特征,确保image和label的size和spacing一致是很重要的。不同的size和spacing可能会导致图像在提取特征时失真或者信息丢失。
以下是解决方案:
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调整image和label的size:将image的size调整为128×128×128,可以使用插值方法来进行调整。可以使用scipy库中的resize函数来实现插值操作。
from scipy.ndimage import zoom adjusted_image = zoom(image, (128/400, 128/400, 128/400)) -
调整image和label的spacing:将image的spacing调整为1×1×1,可以通过修改图像的像素间距来实现。
adjusted_spacing = (1, 1, 1)如果图像是NIfTI格式,可以使用Python库nibabel来读取和修改图像的间距信息。
import nibabel as nib image = nib.load('image.nii.gz') adjusted_image = nib.Nifti1Image(image.get_fdata(), np.eye(4)*adjusted_spacing[0]) nib.save(adjusted_image, 'adjusted_image.nii.gz')对于其他格式的图像,可以根据对应的格式来修改间距信息。
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对齐image和label:如果image和label都已经调整为相同的size和spacing,可以确保它们对齐。
aligned_image = adjusted_image aligned_label = adjusted_label对于3D图像,可以使用如下方法来进行对齐操作。
from scipy.ndimage import zoom adjusted_image = zoom(image, adjusted_label.shape / image.shape)
注意:在调整size和spacing时,应该保持插值和调整间距操作的一致性,以防止破坏图像的几何结构和信息。
最后,保证了image和label具有相同的size和spacing后,就可以进行影像组学特征的提取。
