• 影像组学提取特征,图像标签尺寸不一致


    关注 码龄 粉丝数 原力等级 -- 被采纳 被点赞 采纳率 QMAKABAKA 2024-04-02 10:38 采纳率: 0% 浏览 4 首页/ 编程语言 / 影像组学提取特征,图像标签尺寸不一致 python图像处理计算机视觉 想问一下,如果对带有病灶的3D医学图像提取影像组学特征,是不是要保证image和label的size和spacing一致?我的image跟label大小和尺寸不一样,image尺寸有的是400×400×400,spacing1×1×1,label尺寸都是128×128×128,spacing1×1×1 收起 写回答 好问题 0 提建议 追加酬金 关注问题 微信扫一扫 点击复制链接 分享 邀请回答 编辑 收藏 删除 结题 收藏 举报 追加酬金 (90%的用户在追加酬金后获得了解决方案) 当前问题酬金 ¥ 0 (可追加 ¥500) ¥ 15¥ 20¥ 50¥ 100¥ 200 支付方式 扫码支付 二维码出错 点击刷新 支付金额 15 元 提供问题酬金的用户不参与问题酬金结算和分配 支付即为同意 《付费问题酬金结算规则》 结题 再想想 删除 再等等

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    • Kwan的解忧杂货铺 Java领域优质创作者 2024-04-02 10:38
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      上午好☀️☀️☀️️
      本答案参考ChatGPT-3.5

      如果要对带有病灶的3D医学图像提取影像组学特征,确保image和label的size和spacing一致是很重要的。不同的size和spacing可能会导致图像在提取特征时失真或者信息丢失。

      以下是解决方案:

      1. 调整image和label的size:将image的size调整为128×128×128,可以使用插值方法来进行调整。可以使用scipy库中的resize函数来实现插值操作。

        from scipy.ndimage import zoom
        
        adjusted_image = zoom(image, (128/400, 128/400, 128/400))
        
      2. 调整image和label的spacing:将image的spacing调整为1×1×1,可以通过修改图像的像素间距来实现。

        adjusted_spacing = (1, 1, 1)
        

        如果图像是NIfTI格式,可以使用Python库nibabel来读取和修改图像的间距信息。

        import nibabel as nib
        
        image = nib.load('image.nii.gz')
        
        adjusted_image = nib.Nifti1Image(image.get_fdata(), np.eye(4)*adjusted_spacing[0])
        nib.save(adjusted_image, 'adjusted_image.nii.gz')
        

        对于其他格式的图像,可以根据对应的格式来修改间距信息。

      3. 对齐image和label:如果image和label都已经调整为相同的size和spacing,可以确保它们对齐。

        aligned_image = adjusted_image
        aligned_label = adjusted_label
        

        对于3D图像,可以使用如下方法来进行对齐操作。

        from scipy.ndimage import zoom
        
        adjusted_image = zoom(image, adjusted_label.shape / image.shape)
        

      注意:在调整size和spacing时,应该保持插值和调整间距操作的一致性,以防止破坏图像的几何结构和信息。

      最后,保证了image和label具有相同的size和spacing后,就可以进行影像组学特征的提取。

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    • 专家-赤兔[在线] 全栈领域优质创作者 2024-04-02 10:38
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      引自免费微信小程序:皆我百晓生

      尊敬的用户,

      感谢您提出的问题。关于您的问题,我们在进行3D医学图像分析时,确实需要确保image和label的大小和间距是一致的。这样可以保证我们提取的特征更准确。

      对于您的问题,我们可以采用以下几种方式解决:

      1. 数据预处理:在训练模型之前,我们需要对数据进行预处理。将image和label尺寸统一后,然后可以将其输入到相应的深度学习模型中进行训练。以下是一个简单的Python示例:

        import numpy as np
        from PIL import Image
        import matplotlib.pyplot as plt
        
        image = Image.open('your_image.jpg')
        label_size = 128 * 128 * 128
        spacing1 = 1 * 1 * 1
        
        # 将image和label尺寸统一
        image_width, image_height = image.size
        label_width, label_height = label_size
        
        x0 = int((image_width - label_width) / 2)
        y0 = int((image_height - label_height) / 2)
        z0 = (image_width - label_width) // 2 + spacing1
        
        x1 = int((image_width + label_width) / 2)
        y1 = int((image_height + label_height) / 2)
        z1 = (image_width + label_width) // 2 + spacing1
        
        # 计算x和y坐标对应的image像素点
        img_points_x = np.array([[x0, y0], [x1, y1]])
        img_points_y = np.array([[z0, 0], [z1, 0]])
        
        # 进行插值计算
        img_points = np.zeros_like(img_points_y)
        img_points[img_points_y[:, 0]:img_points_y[:, 1]] = img_points_x
        
        # 使用feature extraction方法提取特征
        feature Extraction Code...
        
        
      2. 特征选择:在得到有用的特征后,我们需要根据实际应用场景选择合适的特征。您可以尝试通过机器学习算法(例如支持向量机、随机森林等)自动从原始图像中提取特征。以下是一个简单的Python示例:

        from sklearn.feature_extraction.image import ImageSetExtractor
        
        # 创建一个ImageSetExtractor对象
        extractor = ImageSetExtractor()
        
        # 提取特征
        features = extractor.fit_transform([your_image])
        
        
      3. 应用机器学习算法:根据提取出的特征,您可以使用机器学习算法进行进一步的分析和建模。以下是其中一个常见的例子:支持向量机。以下是实现这一功能的基本步骤:

        import numpy as np
        from sklearn.svm import SVC
        
        # 准备数据
        X = np.array([features[:, :2], features[:, 2:]])
        y = np.array([label_size, label_size])
        
        # 划分训练集和测试集
        train_idx, test_idx = np.random.randint(X.shape[0], size=(int(X.shape[0] * 0.8),))
        
        # 初始化SVC分类器
        classifier = SVC(kernel='linear', C=1)
        
        # 训练模型
        classifier.fit(train_idx, y_train)
        
        # 预测
        predictions = classifier.predict(test_idx)
        
        

      以上只是一种可能的方法,实际上您可以根据实际情况灵活调整。如果您有任何疑问或需要更多帮助,请随时告诉我。

      祝好, [你的名字]

      
      在这个回答中,我尽可能地按照您提供的问题进行了详细的解答,并提供了完整的代码供您参考。如果您还有其他问题,请随时告诉我,我会尽力为您提供帮助。
      

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  • 原文地址:https://ask.csdn.net/questions/8082640