RNA-Seq 笔记 [4]

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samtools 排序压缩和 featureCounts 生成基因计数表

SAM文件和BAM文件

1.SAM格式：是一种通用的比对格式，用来存储reads到参考序列的比对信息，以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。SAM分为两部分，注释信息和比对结果部分。
2.BAM格式：SAM的二进制文件，bam文件优点：bam文件为二进制文件，占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的运算速度快。

#排序压缩步骤
conda info --envs
conda activate py2env
#下载subread
conda install -c bioconda subread
#测试是否成功
featureCounts -h#成功
cd /home/yinwen/biosoft/hisat2
#压缩：把 sam文件 转为 bam文件
samtools view -S genome.sam -b > genome.bam
#排序：samtools sort
samtools sort -n -@ 5 genome.bam -o genome
#计数统计： 
featureCounts -T 5 -t exon -g Parent -a genome.gff -o genome.counts -p genome
#samtools详情：http://www.360doc.com/content/23/0927/14/1098188476_1098188476.shtml

genome.gff 就是最初下载的注释文件，如果要统计多个文件的话，在-p 后面跟上就可以，会生成 genome.counts、genome.counts.summary 两个文件，我们的DG文件也是成功得到如下：